一、苗床期病虫害管理
苗床期是水稻培育的一个重要时期，是未来增产的关键，苗床期的管理用八个字可以概括：不干、不湿、不冷、不热。如果水稻在苗床期遇到不适宜的湿度与温度，就会容易遇到病虫害，严重影响后续的插秧与培育种苗。 具体而言，不干是指土壤需要保持潮湿度；不湿指的是既要勤浇水又要少浇水；不冷指低温时候挡住通风口；不热则是指高温时要及时打开通风口。判断土壤湿度的小方法就是将土壤抓在手中能自然成团，放在地上会散开，这样的湿度最适宜各种作物的生长。 苗床期最常见的三种病害是：绵腐病、立枯病和青枯病。低温时，水稻容易发生绵腐病。得了绵腐病的水稻，胚乳中的营养会被大量消耗，不可能生长为壮苗。防止绵腐病的诀窍是一定要在播种后浇水前，使用氢氧化铜，三乙磷酸铝防治绵腐病。 湿度过高时，立枯病的病菌就会爆发，患病的水稻容易缺苗，即使成功出苗，稻苗也可能不够强壮。防止立枯病则要在水稻长到一叶一芯（出苗后有一颗叶、一颗芯）与两叶一芯（立针期）的关键时期，需要复配氰霜唑，恶霉灵防治立枯病，杀菌剂并加大药量，促进秧苗的生长。遇上高温后，水稻容易染上青枯病。青枯病的病因病菌，而是因为水稻不够强壮，水稻的叶片就会呈干枯青涩状。
二、返青分蘖期病虫害管理
返青期是指在水稻插秧后的 7-10 天，稻苗从黄变绿的这段时期。稻苗变绿后则马上进入了分蘖期，稻苗会变得比较强壮，叶片也会随之增多，分蘖期是水稻生长的关键，分蘖的好与坏能够直接决定后期的产量。 返青分蘖期时，水稻会吸收大量氮元素，也是最需要氮肥的时期。在这个时期，植株的各个器官都比较娇嫩，容易受到各类病虫害的侵害，其中最主要的害虫是稻飞虱，最主要的疾病是纹枯病。 稻飞虱主要发生在南方，这种害虫会破坏水稻的细胞组织，吸收营养，导致稻穗难以长成。稻飞虱一旦爆发， 持续时间长，很容易导致大规模减产。稻飞虱的防治已经比较成熟，使用华生双击（5％阿维菌素＋5％虱螨脲）、呋虫胺等新烟碱类化合物对稻飞虱的杀虫效果比较优良。
纹枯病在南方也十分常见，这是一种真菌病害，主要使用苯甲·吡唑酯药物进行防治，加入渗透剂效果会更好。
在东北地区，常发的虫害是东北潜叶蝇与稻摇蚊幼虫。其中稻摇蚊幼虫是最近几年新爆发的虫害，它会啃食水稻根系，钻食稻种。红白线虫的防治比较复杂，需要使用毒死蜱、功夫菊酯，高含量啶虫脒或氟虫氰进行药物复配，均匀洒到水体中。
三、拔节期病虫害
拔节期时，南方地区最常见的虫害是二三化螟与稻苞虫。这两种害虫会造成稻谷空瘪，稻穗发白，严重影响产量。 低领的二三化螟虫因为耐药性差，比较好防治，高龄虫则需要加大药剂量，使用药剂复配，比较推荐使用华生天地宽（氯虫苯甲酰胺）、华生战将（1.14％甲维盐）、华生红将（5％阿维菌素）等，这类农药渗透性强，害虫的抗药性低。 这个时期的病害则是稻瘟病，防治稻瘟病的最佳时期是稻穗破口期前的5-7 天，使用传统药剂稻瘟灵以及吡唑嘧菌酯，效果都会不错。
四、穗期病虫害防治
孕穗期、抽穗期、结实期统称为穗期。这个时期的防治重点是养根、保叶、供粒与增重。用药的核心目的是保叶与保穗。 与稻瘟病一样，穗颈瘟也推荐使用三环唑、稻瘟灵、吡唑嘧菌酯 、氟环唑四种药物，复配后效果会更好。同时，由于穗期水稻稻苗仍然比较细，需要加入助剂让药剂更容易附着到病害部位。